Which couples from a given set of nodes in a tree belong to the same part?

Which couples from a given set of nodes in a tree belong to the same regime?

PCMTreeMatrixNodesInSamePart(
  tree,
  nodes = seq_len(PCMTreeNumNodes(tree)),
  upperTriangle = TRUE,
  returnVector = TRUE
)

PCMTreeMatrixNodesInSameRegime(
  tree,
  nodes = seq_len(PCMTreeNumNodes(tree)),
  upperTriangle = TRUE,
  returnVector = TRUE
)

Arguments

tree	a PCMTree object or a phylo object.
nodes	an integer vector of length L >= 2 denoting a set of nodes in the tree.
upperTriangle	logical indicating if all duplicated entries and diagonal entries should be set to NA (by default TRUE).
returnVector	logical indicating if a vector instead of a matrix should be returned (corresponding to calling as.vector on the resulting matrix and removing NAs). Default: TRUE

Value

a L x L logical matrix with TRUE on the diagonal and for each couple of tips that belong to the same part or regime. If returnVector is TRUE (default) only a vector of the non-NA entries will be returned.

Examples

set.seed(1, kind = "Mersenne-Twister", normal.kind = "Inversion")
tree <- PCMTree(ape::rtree(8))
PCMTreeMatrixNodesInSamePart(tree, returnVector = FALSE)
#>    t5   t7   t3   t2   t6   t4   t1   t8    9   10   11   12   13   14   15
#> t5 NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t7 NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t3 NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t2 NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t6 NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t4 NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t1 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t8 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> 9  NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> 10 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> 11 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE
#> 12 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE
#> 13 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE
#> 14 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE
#> 15 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA

PCMTreeSetPartition(tree, c(10, 12))
PCMTreeMatrixNodesInSamePart(tree, returnVector = FALSE)
#>    t5    t7    t3    t2    t6    t4    t1    t8     9    10    11    12    13
#> t5 NA FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
#> t7 NA    NA  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE
#> t3 NA    NA    NA  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE
#> t2 NA    NA    NA    NA FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE
#> t6 NA    NA    NA    NA    NA  TRUE  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE
#> t4 NA    NA    NA    NA    NA    NA  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE
#> t1 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE
#> t8 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE
#> 9  NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA FALSE FALSE FALSE FALSE
#> 10 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA  TRUE FALSE FALSE
#> 11 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA FALSE FALSE
#> 12 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA  TRUE
#> 13 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> 14 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> 15 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>       14    15
#> t5 FALSE FALSE
#> t7 FALSE FALSE
#> t3 FALSE FALSE
#> t2 FALSE FALSE
#> t6  TRUE  TRUE
#> t4  TRUE  TRUE
#> t1  TRUE  TRUE
#> t8  TRUE  TRUE
#> 9  FALSE FALSE
#> 10  TRUE  TRUE
#> 11  TRUE  TRUE
#> 12 FALSE FALSE
#> 13 FALSE FALSE
#> 14    NA  TRUE
#> 15    NA    NA

PCMTreeMatrixNodesInSamePart(tree)
#>   [1] FALSE FALSE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
#>  [13] FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE
#>  [25] FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
#>  [37] FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
#>  [49] FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE
#>  [61] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE
#>  [73] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE
#>  [85]  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE
#>  [97]  TRUE  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE  TRUE
PCMTreeMatrixNodesInSamePart(tree, seq_len(PCMTreeNumTips(tree)))
#>  [1] FALSE FALSE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
#> [13] FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE
#> [25] FALSE  TRUE  TRUE  TRUE
PCMTreeMatrixNodesInSamePart(
  tree, seq_len(PCMTreeNumTips(tree)), returnVector = FALSE)
#>    t5    t7    t3    t2    t6    t4    t1    t8
#> t5 NA FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
#> t7 NA    NA  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
#> t3 NA    NA    NA  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
#> t2 NA    NA    NA    NA FALSE FALSE FALSE FALSE
#> t6 NA    NA    NA    NA    NA  TRUE  TRUE  TRUE
#> t4 NA    NA    NA    NA    NA    NA  TRUE  TRUE
#> t1 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA  TRUE
#> t8 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA

set.seed(1, kind = "Mersenne-Twister", normal.kind = "Inversion")
tree <- PCMTree(ape::rtree(8))
PCMTreeMatrixNodesInSamePart(tree, returnVector = FALSE)
#>    t5   t7   t3   t2   t6   t4   t1   t8    9   10   11   12   13   14   15
#> t5 NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t7 NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t3 NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t2 NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t6 NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t4 NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t1 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> t8 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> 9  NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> 10 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#> 11 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE TRUE
#> 12 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE TRUE
#> 13 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE TRUE
#> 14 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA TRUE
#> 15 NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA   NA

PCMTreeSetPartition(tree, c(10, 12))
PCMTreeMatrixNodesInSamePart(tree, returnVector = FALSE)
#>    t5    t7    t3    t2    t6    t4    t1    t8     9    10    11    12    13
#> t5 NA FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
#> t7 NA    NA  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE
#> t3 NA    NA    NA  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE
#> t2 NA    NA    NA    NA FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE
#> t6 NA    NA    NA    NA    NA  TRUE  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE
#> t4 NA    NA    NA    NA    NA    NA  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE
#> t1 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE
#> t8 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE
#> 9  NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA FALSE FALSE FALSE FALSE
#> 10 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA  TRUE FALSE FALSE
#> 11 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA FALSE FALSE
#> 12 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA  TRUE
#> 13 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> 14 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#> 15 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
#>       14    15
#> t5 FALSE FALSE
#> t7 FALSE FALSE
#> t3 FALSE FALSE
#> t2 FALSE FALSE
#> t6  TRUE  TRUE
#> t4  TRUE  TRUE
#> t1  TRUE  TRUE
#> t8  TRUE  TRUE
#> 9  FALSE FALSE
#> 10  TRUE  TRUE
#> 11  TRUE  TRUE
#> 12 FALSE FALSE
#> 13 FALSE FALSE
#> 14    NA  TRUE
#> 15    NA    NA

PCMTreeMatrixNodesInSamePart(tree)
#>   [1] FALSE FALSE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
#>  [13] FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE
#>  [25] FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
#>  [37] FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
#>  [49] FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE
#>  [61] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE
#>  [73] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE
#>  [85]  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE
#>  [97]  TRUE  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE  TRUE
PCMTreeMatrixNodesInSamePart(tree, seq_len(PCMTreeNumTips(tree)))
#>  [1] FALSE FALSE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
#> [13] FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE
#> [25] FALSE  TRUE  TRUE  TRUE
PCMTreeMatrixNodesInSamePart(
  tree, seq_len(PCMTreeNumTips(tree)), returnVector = FALSE)
#>    t5    t7    t3    t2    t6    t4    t1    t8
#> t5 NA FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
#> t7 NA    NA  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
#> t3 NA    NA    NA  TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
#> t2 NA    NA    NA    NA FALSE FALSE FALSE FALSE
#> t6 NA    NA    NA    NA    NA  TRUE  TRUE  TRUE
#> t4 NA    NA    NA    NA    NA    NA  TRUE  TRUE
#> t1 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA  TRUE
#> t8 NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA

Which couples from a given set of nodes in a tree belong to the same part?

Arguments

Value

Examples

Contents